خالکوبی در ایران به ادوار بسیار قدیم تاریخی بازمیگردد. تندیسههایی در پازیریک و لرستان از دورهٔ هخامنشیان یافت شدهاست که نشان خالکوبی بر بدنشان بودهاست.[۹] مولوی در مثنوی معنوی، در ضمن داستان پهلوانِ قزوینی (شیر بی یال و دُم) به عمل خالکوبی با عنوان کبودی زدن اشاره میکند.
شعبان جعفری در بخشی از خاطراتش دربارهٔ خالکوبی میآورد:
[خالکوبی]والا نشونی [چیزی] نبود. اون وقتا اینایی که ورزشای باستانی می کردن بیشتر تو زورخونه لخت می شدن و دلشون میخواست یه دو تا خال تو تنشون باشه و از این حرفا. بیشتر خالا رم تو زندان می کوبیدن… خود زندانیا که تو زندان بودن می کوبیدن دیگه. بالاخره اونجا آدمایی بودن که تو زندان مثلاً خال می کوبیدن. بیشتر تو زندان این کارو می کردن.